Mælkeafgiftsfondens bestyrelse består af 12 medlemmer. Heraf repræsenterer 8 medlemmer landbrugets interesser og 4 medlemmer repræsenterer de offentlige interesser.
Det er Fødevareministeren, der udpeger bestyrelsen efter indstilling fra interessenterne. Bestyrelsen er udpeget for en 4-årig periode.
Landbrugets repræsentanter udpeges efter enig indstilling fra Landbrug & Fødevarer, Mejeriforeningen, Dansk Kvæg, Landsforeningen af Danske Mælkeproducenter og Økologisk Landsforening.
De offentlige repræsentanter udpeges efter fælles indstilling fra Det Frie Forskningsråd, Det Strategiske Forskningsråd, Forbrugerrådet og Arbejderbevægelsens Erhvervsråd.
Mælkeafgiftsfondens bestyrelse 2008-2012:
Gårdejer Steen Nørgaard Madsen (formand)
Sorringvej 77, Voel
8600 Silkeborg
Gårdejer Viggo Bloch
Knoldeflodvej 44
6800 Varde
Viceadmin. direktør Andreas Lundby
Arla Foods
Sønderhøj 14
8260 Viby J
Mejeriejer Jens Beierholm Poulsen
Nørup Mejeri
Billundvej 33
7182 Bredsten
Gårdejer Uffe Bie
Storgårdsvej 6
7361 Ejstrupholm
Gårdejer Egon Schmidt
Tøndervej 15
6520 Toftlund
Gårdejer Kjartan Poulsen
Vittarpvej 60
6855 Outrup
Gårdejer Jens Krogh (næstformand)
Tarpvej 15, Strellev
6870 Ølgod
Seniorforsker Peter Thomsen
Det Jordbrugsvidenskabelige Fakultet, Forskningscenter Foulum
8830 Tjele
Professor Preben Dybdahl Thomsen
Københavns Universitet
Grønnegårdsvej 7
1870 Frederiksberg C
Rådsmedlem Niels-Ole Bjerregaard
Ørstedsvej 19
7500 Holstebro
Forbundssekretær Poul Erik Faarkrog
Nærings- og Nydelsesmiddelarbejder Forbundet
C.F. Richsvej 103
2000 Frederiksberg