Fondens hovedformål er fortsat at styrke mejeri- og kvægbrugets udviklingsmuligheder samt mejeriindustriens konkurrenceevne. Fonden vil ligeledes kunne støtte projekter inden for alle Landbrugsstøttelovens formål.

Strategi for ansøgningsrunden for 2013
Mælkeafgiftsfonden har ca. 49 mio. kr. til disposition for ansøgningsrunden for 2013. Indtægtsgrundlaget består fortsat af produktionsafgift på den indvejede mælk og tildelinger fra Promilleafgiftsfonden.

Fondens bestyrelse har besluttet, at man i 2013 vil prioritere projekter inden for følgende hovedindsatsområder og temaer:

Det primære kvægbrug med en vejledende budgetramme på 25-30 mio. kr. til primært forsknings- og rådgivningsprojekter

Formålet er at styrke kvægsektorens konkurrenceevne og værditilvækst samt sikre placeringen som verdens førende producent af differentierede, kvalitetsråvarer af mælk og kød. Temaer i 2013:

• produktivitetsudvikling via innovation i foderkæden, avlen, reproduktion samt sundhed og velfærd i kvægbesætninger
• produktive og funktionelle produktionssystemer med fokus på dyrevelfærd, arbejdsmiljø, logistik og detailstyring
• bæredygtighed i form af miljø- og klimavenlig kvægproduktion
• råvarekvalitet - herunder sporbarhed samt sunde, sikre og velsmagende fødevarer
• værdikædebetragtning - herunder systemer for differentierede produktionskæder og designede råvarer
• implementering af ny viden via demonstration, arbejdsplanlægning, management og ledelse

Smittebeskyttelse med en vejledende budgetramme på 6-8 mio. kr.

Fokus skal her være smittebeskyttelse i kvægbruget gennem overvågning og håndtering af sundhedsstatus samt veterinært beredskab.

Mejeriforskningen med en vejledende budgetramme på 7-9 mio. kr

Formålet er at støtte grundlæggende forskningnings- og innovationsprojekter til gavn for mejeriindustrien. Temaer i 2013:

• Teknologi, f.eks. skånsomme og alternative processer til optimering/effektivisering og udvikling af eksisterende og nye mejeriprodukter, teknologier og processer til understøttelse af bæredygtig produktion, mælkens funktionelle og sensoriske egenskaber samt udvikling af nye proceskontrol og -styringsredskaber til øget dokumentation i hele mejerikæden 
• Mikrobiologi og fødevaresikkerhed, f.eks. effekt af mindre brug af konserveringsmidler, biokonservering, styring af fødevaresikkerhed og udvikling af analysemetoder, samspil mellem mælkeråvarens egenskaber og det færdige produkt.
• Sundhed og human ernæring, f.eks. mælkefedt, mejeriprodukter og mælkeingredienser i en sund kost og/eller betydning for livsstilsbetingende sygdomme, betydningen af probiotiske bakterier på effekter i kroppen, mejeriprodukters placering i bæredygtige (næringstætte, miljørigtige og velsmagende/efterspurgt kvalitet) diæter

Kommunikation og information vedrørende mælk og mejeriprodukter (fælles, generel afsætningsfremme) med en vejledende budgetramme på 7-9 mio. kr.

Fokus inden for dette område skal være at fastholde og øge forbruget af mælk og mejeriprodukterf.eks. over for børn og unge gennem forbedring af mælkens image og/eller gennem kommunikations- og informationsaktiviteter, der fremhæver de sundheds- og ernæringsmæssige aspekter af mælk og mejeriprodukter.

Generelt vedrørende fondens bevillinger
Mælkeafgiftsfonden støtter projekter med stor bredde, som kommer hele mejeri- og kvægbruget til gode. Fonden anerkender både den konventionelle og økologiske produktionsform, hvorfor der vil kunne støttes projekter inden for begge områder. Omvendt vil fonden ikke støtte separate økologiske og konventionelle projekter, der adresserer den samme overordnede problemstilling.